Se investigaron los patrones espaciales y temporales de la composición de especies de ciliados planctónicos en la llanura aluvial del río Paraná. Se realizaron muestreos en doce ambientes en dos períodos hidrológicos distintos (limnofase y potamofase). Se registraron 61 especies de ciliados, de las cuales 21 se clasifican como pelágicas, mientras que 40 se consideran preferentemente litorales. Las especies registradas pertenecen a once órdenes, y entre ellas, Prostomatida fue la más especiosa, seguida de Hymenostomatida y Peritrichida. La composición de especies de ciliados fue significativamente distinta entre períodos, pero no entre ambientes. De esta manera, las especies típicamente pelágicas caracterizaron la comunidad de ciliados durante el período limnofase, mientras que las especies litorales predominaron durante el período potamofase. Nuestros resultados respaldan firmemente la idea de que el pulso de inundación es el principal factor que determina el patrón de composición de la comunidad de ciliados planctónicos en la llanura aluvial del río Paraná.