Los elementos no codificantes ultra-conservados (UCNEs) humanos largos no tienen similitud de secuencia entre sí ni otras características que los hagan inalterables durante la evolución de los vertebrados. Hipotetizamos que los UCNEs tienen una composición y arreglos de dinucleótidos (DN) únicos en comparación con el resto del genoma. Se analizaron computacionalmente un total de 4272 secuencias de UCNEs humanos y se compararon con los genomas completos de humanos, gallinas, peces cebra y moscas. Se realizó un análisis estadístico para evaluar la no aleatoriedad en los arreglos de espaciado de DN dentro de todo el genoma humano y dentro de los UCNEs. Se observó una no aleatoriedad significativa en los arreglos de espaciado de DN en todo el genoma humano. Además, los UCNEs exhibieron patrones distintos en los arreglos de DN en comparación con el resto del genoma. Aproximadamente el 83% de todos los pares de DN dentro de los UCNEs mostraron arreglos genómicos no aleatorios significativos (>10%) a distancias cortas (2-6 nucleótidos) entre sí. En los extremos, la no aleatoriedad en las distancias de espaciado de DN se desvió hasta un 40% de los valores esperados y se asoció frecuentemente con dinucleótidos GpC, CpG, ApT y GpG/CpC. Las peculiaridades descritas en los arreglos de DN han persistido durante cientos de millones de años en los vertebrados. Estos patrones distintivos pueden sugerir que los UCNEs tienen conformaciones específicas de ADN.