El archipiélago toscano es uno de los sistemas insulares más antiguos y ecológicamente heterogéneos del Mediterráneo. La biodiversidad de estas islas fue fuertemente moldeada por las regresiones y transgresiones marinas del Plioceno y Pleistoceno, lo que resultó en diferentes oleadas de colonización y aislamiento de especies provenientes del continente. La lagartija italiana de pared está presente en las siguientes islas del archipiélago toscano: Elba, Giglio, Giannutri, Capraia, Montecristo y Cerboli. Las especies en la zona muestran una variabilidad morfológica relativamente alta que en el pasado llevó a la descripción de varias subespecies. En este estudio, se investigaron tanto la diversidad genética como la morfológica del archipiélago toscano. Específicamente, se analizaron los caracteres merísticos y el patrón dorsal, mientras que las relaciones genéticas entre estas poblaciones se exploraron con marcadores nucleares de mtDNA y microsatélites para reconstruir la historia de colonización del archipiélago. Nuestros resultados convergen en la identificación de al menos dos oleadas diferentes de colonización en el archipiélago: Elba, y las poblaciones de Cerboli y Montecristo probablemente se originan de introducciones históricas desde la Toscana continental, mientras que las de Giglio y Capraia son poblaciones sobrevivientes de una antigua línea que colonizó el archipiélago toscano durante el Plioceno y que comparte un ancestro común con las poblaciones del sureste de Italia. Giannutri quizás representa un caso interesante de hibridación entre las poblaciones de la Toscana continental y el clado Giglio-Capraia. Basado en la alta distintividad fenotípica y molecular de este antiguo clado, estas poblaciones deberían ser tratadas como unidades distintas que merecen esfuerzos de conservación y manejo, así como una investigación adicional para evaluar su estatus taxonómico.