Los ríos son ecosistemas dinámicos que albergan una alta diversidad viral con importantes implicaciones ecológicas y sanitarias. Esta revisión narrativa examina la presencia y persistencia de virus patógenos en cuerpos de agua dulce, considerando su impacto en la salud humana, animal y vegetal. Se describen las principales fuentes de contaminación viral, incluyendo escorrentía agrícola, ganadera y aguas residuales, así como los factores fisicoquímicos que modulan la estabilidad viral en el ambiente acuático. Se discute a cerca de virus entéricos humanos y fitovirus que afectan cultivos agrícolas, así como de virus animales con potencial zoonótico, incluyendo aquellos emergentes como el SARS-CoV-2 y el H5N1. Se destaca el valor de las herramientas moleculares y metagenómicas para la identificación del viroma fluvial y se proponen estrategias de vigilancia y mitigación en el contexto del cambio climático. Este trabajo resalta la necesidad de un enfoque integrado y multidisciplinario para enfrentar los riesgos virales asociados al agua dulce y proteger la salud pública y la seguridad alimentaria.