En Brasil, los cultivos de granos en sucesión de soja-maíz sin labranza han reducido la biodiversidad y la entrada de carbono en el suelo. El cultivo intercalado es un enfoque prometedor para abordar estos problemas. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la calidad microbiológica del suelo en sistemas convencionales y de cultivo intercalado en la sucesión de soja-maíz, dependiendo del uso de pasto tropical y fertilizante de nitrógeno. Los tratamientos se organizaron en un diseño de bloques completos al azar y un esquema de parcelas divididas, con cuatro repeticiones. Las parcelas principales consistieron en los siguientes sistemas de cultivo: monocultivo de soja-monocultivo de maíz; soja intercalada con pasto Aruana Guinea (cv. Aruana)-maíz intercalado con pasto Aruana Guinea; y soja intercalada con pasto Congo (cv. Comun)-maíz intercalado con pasto Congo. Las subparcelas consistieron en tasas de nitrógeno (0, 50, 100 y 150 kg/ha) aplicadas como abonado en hileras de maíz y pasto tropical en la temporada de otoño-invierno. Nuestros resultados mostraron que el maíz o la soja intercalados con pastos tropicales y tasas adecuadas de nitrógeno favorecieron la entrada de carbono y nitrógeno microbianos, estimularon la actividad enzimática y redujeron la pérdida de C-CO. Sin embargo, el exceso de suministro de nitrógeno puede anular los beneficios de los sistemas de cultivo intercalado. Concluimos que los sistemas de cultivo intercalado pueden mejorar la calidad microbiológica del suelo en poco tiempo con un suministro adecuado de nitrógeno.