Como un árbol subtropical y tropical, el mirto () es un árbol frutal importante cultivado comercialmente en el sur de China. Curiosamente, nuestros estudios encontraron que la calidad del fruto del mirto con pasto de centeno acompañante mejoró significativamente, pero su mecanismo sigue siendo incierto. El objetivo de este estudio fue explorar el mecanismo del pasto de centeno acompañante sobre el efecto beneficioso en la calidad del fruto del mirto, midiendo los parámetros de crecimiento vegetativo, los parámetros de los frutos con impacto económico, las propiedades físicas y químicas del suelo de la rizosfera, la estructura de la comunidad microbiana y los metabolitos del mirto con/sin pasto de centeno. Notablemente, los resultados revelaron una diferencia significativa entre los árboles de mirto con y sin pasto de centeno acompañante en los parámetros de calidad del fruto, las propiedades físicas y químicas del suelo, la estructura de la comunidad microbiana y los metabolitos. En comparación con el control sin pasto de centeno acompañante, la siembra de pasto de centeno aumentó el contenido de azúcar titulable, vitamina C y flavonoides titulables de los frutos del mirto en un 2.26%, 28.45% y 25.00%, respectivamente, y disminuyó el contenido de ácido titulable en un 9.04%. Además, basado en la secuenciación de amplicones 16S e ITS de la microflora del suelo, el pasto de centeno acompañante causó un incremento del 12.47% en mientras que se registró una reducción del 30.04%, respectivamente, en comparación con los árboles de mirto sin pasto de centeno. El análisis discriminante de redundancia de comunidades microbianas y propiedades del suelo indicó que las principales variables de la comunidad bacteriana incluían nitrógeno disponible, fósforo disponible, aluminio intercambiable y potasio disponible, mientras que las principales variables de la comunidad fúngica incluían aluminio intercambiable, fósforo disponible, potasio disponible y pH. Además, el cambio en la estructura de la comunidad microbiana fue justificado por el análisis de alta correlación entre microorganismos y metabolitos secundarios. De hecho, el análisis de metabolómica GC-MS mostró que la siembra de pasto de centeno causó un aumento del 3.83%-144.36% en 19 metabolitos como 1,3-Dipentil-heptabarbital y ácido carbónico 1, respectivamente, y una reducción del 23.78%-51.79% de 5 metabolitos en comparación con los árboles de mirto sin el pasto de centeno acompañante. En general, los resultados revelaron el cambio significativo causado por la siembra de pasto de centeno en las propiedades físicas y químicas, la microbiota y los metabolitos secundarios de los suelos de la rizosfera del mirto, lo que proporciona una nueva perspectiva para la mejora ecológica del mirto.