(1) Antecedentes: es un eucariote microbiano que habita el tracto gastrointestinal de una amplia gama de animales, incluidos los humanos. Varios estudios han demostrado que el organismo está asociado con perfiles microbianos específicos y taxones bacterianos que se han considerado beneficiosos para la salud intestinal y general. No obstante, estos estudios se centran casi exclusivamente en los humanos, mientras que no hay información similar sobre otros animales. (2) Métodos: Utilizando una combinación de PCR convencional, clonación y secuenciación, investigamos la presencia de junto con y en 16 ratas de agua en cautiverio muestreadas dos veces de un parque de vida silvestre. También caracterizamos sus comunidades bacterianas intestinales. (3) Resultados: En general, las diversidades alfa y beta entre las ratas de agua con y sin no difirieron significativamente. Las diferencias se notaron solo en taxones individuales con y siendo significativamente reducidos en las ratas de agua positivas. Agrupar según el tratamiento antiprotozoario y la presencia de otros protistas tampoco reveló diferencias en la composición de la comunidad bacteriana. (4) Conclusión: A diferencia de las investigaciones en humanos, no parece estar asociado con perfiles microbianos intestinales específicos en las ratas de agua.