La tolerancia al estrés biótico en las plantas es compleja, ya que depende únicamente de respuestas inmunitarias innatas específicas de diferentes especies de plantas que combaten diversos patógenos. Cada componente del sistema inmunológico de la planta es crucial para comprender la base molecular que subyace a la respuesta de resistencia sostenible. Entre muchos otros componentes regulatorios, los ARN largos no codificantes (lncARN) y los ARN circulares (circARN) han surgido recientemente como nuevos interruptores de control regulatorio en el desarrollo de las plantas y la biología del estrés. Además, los miPs, los pequeños péptidos (de 100 a 150 aminoácidos de longitud) codificados por algunas de las porciones no codificantes del genoma, también resultaron ser reguladores fundamentales del estrés en las plantas. Aunque se han realizado algunos estudios para descifrar el papel de los miPs en la tolerancia al estrés abiótico, su función en la regulación de la tolerancia al estrés biótico sigue siendo en gran medida elusiva. Por lo tanto, la presente revisión se centra en los roles de los ARN largos no codificantes (lncARN) y los ARN circulares (circARN) en la lucha contra el estrés biótico en las plantas. También se destaca de manera integral el probable papel de los miPs en la interacción planta-microbio. Esta revisión mejora nuestra comprensión actual de los lncARN, circARN y miPs en la tolerancia al estrés biótico y plantea preguntas intrigantes que valen la pena seguir.