Este estudio tuvo como objetivo comparar los perfiles lipidómicos de esperma post-descongelación de las razas de cabra Alpina y Criolla Española. Se extrajeron lípidos de muestras de semen criopreservadas de machos adultos Alpinos (n = 7) y Criollos Españoles (n = 4), y se analizaron mediante cromatografía de gases-espectrometría de masas (CG-EM). Se identificaron un total de 21 ácidos grasos. Ocho de estos ácidos grasos, 13:0, 16:0, 18:0, 24:0, 14:1, 18:1 (cis-9), 24:1 y 18:2 mostraron diferencias estadísticamente significativas (< 0.05). De esos, 16:0, 18:1 (cis-9) y 18:2 fueron tanto estadística como biológicamente significativos (< 0.05, FC > 2). Los análisis de redes y vías revelaron que 16:0, 18:1 (cis-9) y 18:2 son los componentes clave que influyen en los nodos centrales de la red lipidómica, que promueven la estabilidad de la membrana y la criotolerancia. Las variaciones en los perfiles lipídicos del esperma entre razas podrían derivarse de factores genéticos y ambientales, ofreciendo valiosos conocimientos para mejorar las técnicas de criopreservación de esperma, las estrategias de cría y los programas de inseminación artificial.