La secuenciación de ARN directa de lectura larga desarrollada por Oxford Nanopore Technologies (ONT) está ganando rápidamente popularidad para estudios de transcriptoma, mientras que el rápido tiempo de respuesta y el bajo costo la convierten en un instrumento atractivo para aplicaciones clínicas. Hay un creciente interés en utilizar datos de transcriptoma para desentrañar los procesos biológicos activados responsables de la progresión de enfermedades y la respuesta a terapias. Esta tendencia es de particular interés para la medicina de precisión, que se centra en el análisis de un solo paciente. Aquí evaluamos si las abundancias génicas medidas por la secuenciación de ARN directa MinION son adecuadas para producir estimaciones robustas de activación de vías para métodos de puntuación de muestras individuales. Realizamos múltiples análisis de RNA-seq para una sola muestra que se originó de la línea celular HepG2, a saber, cinco réplicas de ONT y tres réplicas utilizando Illumina NovaSeq. Se emplearon dos métodos de puntuación de vías: ssGSEA y singscore. Estimamos el rendimiento de ONT en términos de genes codificadores de proteínas detectados y la correlación promedio por pares entre las puntuaciones de activación de vías utilizando un esquema computacional exhaustivo para todas las combinaciones de réplicas. En resumen, encontramos que se requieren al menos dos réplicas de ONT para obtener puntuaciones de vías reproducibles para ambos algoritmos. Esperamos que nuestros hallazgos sean de interés para los investigadores que planean sus experimentos de secuenciación de ARN directa de ONT.