Las invasiones biológicas son conocidas por causar extinciones locales en las islas. Dok-do, una pequeña y remota isla volcánica en el Mar del Este de Corea en el Pacífico occidental, ha sido recientemente invadida por ratas, lo que plantea problemas ecológicos. Para inferir su origen y ruta de invasión, recolectamos ratas de Dok-do y de las posibles fuentes de introducción, Ulleung-do en el Océano Pacífico y cuatro puertos costeros del este. Primero, identificamos que la rata parda era la única especie de rata que ocurría en los sitios de recolección, basándonos en las características morfológicas clave. Para determinar el patrón de diversidad genética a nivel poblacional, aplicamos el enfoque 3-RADseq. Después de una serie de filtraciones (frecuencia de alelos menores < 0.05, equilibrio de Hardy-Weinberg < 1 x 10), se retuvieron 4042 SNPs para el conjunto de datos final de los 25,439 SNPs inicialmente aislados. La estructura espacial y el patrón de diversidad genética de las ratas pardas sugirieron que la población de ratas en Dok-do fue probablemente introducida desde Ulleung-do. Nuestro trabajo proporciona información práctica que ayudará en la gestión de las ratas pardas invasoras en ecosistemas insulares vulnerables.