El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto del origen genético de las abejas, el tipo de clima y las interacciones entre estas variables sobre la prevalencia y los niveles de infestación de Varroa en una gran población de colonias de abejas (n = 1134). Para cada colonia, se determinó el morfotipo, haplotipo y tipo de clima. No se encontraron diferencias entre los morfotipos africanizados, europeos e híbridos para la prevalencia y los niveles de infestación de Varroa (> 0.05). Se encontraron diferencias entre los haplotipos de abejas para la prevalencia de Varroa (< 0.05), y la prevalencia fue mayor en el haplotipo africano que en el haplotipo europeo. No se encontraron diferencias entre los haplotipos de abejas para los niveles de infestación de Varroa (> 0.05). Se encontraron diferencias entre el tipo de clima para la prevalencia y los niveles de infestación de Varroa (< 0.05): el clima templado subhúmedo tuvo una mayor prevalencia y niveles de infestación más altos que el clima semi-cálido y el clima cálido subhúmedo. Se encontraron correlaciones entre los niveles de infestación de Varroa y la temperatura media anual, la precipitación media anual, la precipitación invernal y el índice de Lang.