Entre las presiones antropogénicas que enfrentan los ecosistemas marinos, las invasiones biológicas son una de las principales amenazas. Recientemente, como resultado de disturbios antropogénicos cada vez más intensos, numerosas especies marinas han sido introducidas en sus rangos no nativos. Sin embargo, muchas especies introducidas tienen fuentes originales inciertas. Esto impide el diseño y establecimiento de métodos para controlar o prevenir estas especies introducidas. En el presente estudio, se realizaron secuenciación genómica y análisis genético poblacional para detectar el origen geográfico de la población introducida en el arrecife Mischief del Mar de China Meridional. Los resultados del análisis de la estructura genética poblacional mostraron una relación cercana entre la población introducida del arrecife Mischief y la población de Lingshui, lo que indica que Lingshui puede ser el posible origen geográfico. Además, se observaron menor heterocigosidad y diversidad de nucleótidos en la población introducida en el arrecife Mischief, lo que indica una menor diversidad genética que en otras poblaciones nativas. También identificamos algunas regiones genómicas seleccionadas y genes de la población introducida, incluidos genes relacionados con la tolerancia a la temperatura y la salinidad. Estos genes pueden desempeñar roles importantes en la adaptación de la población introducida. Nuestro estudio mejorará nuestra comprensión de la historia de invasión de la población. Además, los resultados del presente estudio también facilitarán el control y la prevención de la invasión en el arrecife Mischief, Mar de China Meridional.