En los últimos años, el uso de productos naturales como los aceites esenciales (AE) y otros extractos de plantas para la conservación de productos frescos ha atraído mucho interés por parte de la industria alimentaria. Muchas plantas medicinales y aromáticas endémicas, como el orégano chipriota, presentan una plétora de propiedades que pueden ser utilizadas por los sectores de frutas y verduras de la industria alimentaria. El propósito del presente estudio fue evaluar los efectos del AE y el hidrosol (a diferentes concentraciones y duraciones de aplicación por inmersión) para la conservación de la calidad de los frutos de tomate y pepino, y su efectividad como agentes desinfectantes contra dos patógenos transmitidos por alimentos. Los resultados de este estudio indicaron que las concentraciones aumentadas de AE, combinadas con una mayor duración de aplicación, resultaron en menos frutos comercializables en comparación con la aplicación de hidrosol. Curiosamente, la aplicación de AE a concentraciones más bajas y duraciones más cortas de aplicación (es decir, 0.01% durante 5 minutos) aumentó los niveles de antioxidantes, ácido ascórbico y carotenoides (para los frutos de tomate), sugiriendo un aumento en el valor nutricional de los frutos tratados, en comparación con el control. El AE y el hidrosol pudieron disminuir las poblaciones bacterianas en los frutos. Ambos productos fueron especialmente efectivos contra un patógeno, incluso siete días después de su aplicación y almacenamiento a 11 grados Celsius (hasta una reducción aproximada de 3 log con la aplicación de AE). En general, los resultados de este estudio sugieren que el uso de AE y hidrosol podría considerarse como medios alternativos de desinfección para tomates y pepinos.