La N derivada de la paja (N de paja) es una importante fuente orgánica de N, pero su distribución en los sistemas suelo-arroz regulada por el manejo del agua y la fertilización con N se comprende pobremente. Por lo tanto, se realizó un experimento en macetas utilizando residuos de trigo marcados con N con riego convencional inundado (CF) y riego alterno de inundación/sequía (AWD) ambos con y sin fertilización de N. Los resultados mostraron que la tasa de recuperación de N de paja de toda la planta y la tasa de residuos en el suelo fueron del 9,2-11,9% y 33,5-43,1%, y del 10,2-13,8% y 33,7-70,2% en la etapa de iniciación de la panícula (PI) y en la etapa madura (MS), respectivamente. No hubo interacción entre el manejo del agua y la fertilización con N. En comparación con CF, AWD no afectó la absorción de N de paja de toda la planta y cambió significativamente su distribución en diversas partes de la planta, como aumentar la acumulación de N de paja en las raíces en PI y disminuirla en MS. La adición de fertilización con N promovió notablemente la transferencia de N de paja a la planta pero redujo la tasa de contribución de la absorción de N por la planta. Además, la adición de AWD o fertilización con N permitió que más N de paja permaneciera en el suelo, y se encontró un efecto de interacción positivo en la mitigación de la pérdida de N de paja. Estos resultados sugieren que AWD combinado con la adición de fertilización con N es una gran medida para mejorar la utilización eficiente de N de paja y evitar el riesgo de contaminación ambiental en un sistema suelo-arroz.