Optimizar la estructura del uso del suelo en las aglomeraciones urbanas es esencial para mitigar el cambio climático y lograr la neutralidad de carbono. Sin embargo, los estudios sobre el uso del suelo de bajo carbono (LC) en la aglomeración urbana basados en la neutralidad de carbono aún son limitados y carecen de la consideración de los beneficios ecológicos optimizados del suelo. Para reducir las emisiones de carbono del uso del suelo (LUCEs) y mejorar los beneficios ecológicos de las aglomeraciones urbanas, construimos el marco de optimización de la estructura del uso del suelo (LUSO) bajo la neutralidad de carbono. Luego, en vista de la estructura de cantidad de uso del suelo y la distribución espacial, comparamos los resultados de LUCEs y los beneficios ecológicos de la aglomeración urbana de Chengdu-Chongqing (CCUA) en 2030 bajo diferentes escenarios. Los resultados mostraron que en 2030, las LUCEs de la CCUA son 3481.6632 x 10^4 t bajo el escenario de neutralidad de carbono (CN_Scenario), que es significativamente más bajo que el escenario base (BL_Scenario) y 2020. En el CN_Scenario, el cambio de uso/cobertura del suelo (LUCC) en la CCUA es más moderado, el grado de agregación de la superficie de tierras forestales (FL), pastizales (GL), humedales (WL) y áreas de agua (WTR) se profundiza, y el grado general de expansión del paisaje aumenta, lo que es más propicio para aprovechar el beneficio ecológico de las tierras de sumidero de carbono. Los resultados pueden proporcionar una referencia para el uso más eficiente de las áreas de recursos de suelo y la formulación de planificación del uso del suelo y espacial.