La interacción genotipo-ambiente causa dificultades en la selección de cultivares estables e ideales de soja en modelos de rotación de cultivos. Por lo tanto, este estudio tuvo como objetivo proporcionar las mejores estimaciones de rendimiento de la soja en cada modelo de rotación de cultivos para recomendaciones en el sistema agroforestal de secano utilizando el biplot GGE y EBLUP. En este estudio, se evaluó la productividad y estabilidad de 15 cultivares de soja utilizando cuatro modelos de rotación de cultivos, es decir, siembra de soja después de barbecho (F-S), siembra de soja después de maíz (M-S), siembra de soja después de arroz (R-S) y soja continua (S-S) en las estaciones seca y húmeda en el Resort Forestal Menggoran, Distrito de Playen, Regencia de Gunungkidul, Provincia Especial de Yogyakarta, Indonesia. Los resultados en la estación seca revelaron que el cultivar Dering I tuvo el mayor rendimiento en F-S y R-S de 1.267 y 1.375 toneladas por hectárea y el cultivar Grobogan en M-S y S-S de 1.200 y 1.349 toneladas por hectárea, respectivamente. Durante la estación húmeda, el cultivar Grobogan mostró los mayores rendimientos en F-S, M-S y S-S de 2.187, 2.435 y 2.247 toneladas por hectárea, y el cultivar Dega I en R-S de 2.049 toneladas por hectárea. Según el biplot GGE y el modelo Shukla, los cultivares Dering I y Grobogan fueron clasificados como bastante y relativamente estables en las estaciones seca y húmeda. Los cultivares que se adaptan bien al entorno pueden maximizar el potencial de rendimiento de estos cultivares y ayudar a construir un sistema de producción sostenible.