Debido a la creciente complejidad e interacciones entre varios subsistemas, los sistemas MIMO de orden superior presentan dificultades en términos de estabilidad y rendimiento de control. Este estudio proporciona un método novedoso y completo para crear una técnica de control fraccional descentralizada para sistemas de orden superior. Dado el mayor número de variables que necesitan ser optimizadas para el control de orden fraccional en sistemas MIMO de orden superior, se eligió la técnica de optimización del algoritmo de optimización de polinización de flores modificadas (MFPOA) debido a su rápida velocidad de convergencia y mínimo esfuerzo computacional. El objetivo del diseño es mejorar el rendimiento del control. El sobrepico máximo (Mp), el tiempo de subida (tr) y el tiempo de establecimiento (ts) son los factores de rendimiento que se toman en consideración. El enfoque de MFPOA se utiliza para mejorar los ajustes del controlador proporcional-integral-derivativo de orden fraccional descentralizado propuesto (FOPID). Al explorar el espacio de parámetros y converger en los mejores ajustes del controlador, el MFPOA examina el espacio de parámetros y satisface las restricciones impuestas al mantener la estabilidad del sistema. Para evaluar el enfoque sugerido, se realizan estudios de simulación en dos sistemas. Los resultados muestran que al disminuir las interacciones del lazo entre los subsistemas con una mayor estabilidad, el control descentralizado con el controlador FOPID basado en MFPOA proporciona un mejor rendimiento de control.