El mantenimiento del germoplasma vegetal y su diversidad genética es fundamental para preservar y hacerlo disponible para la seguridad alimentaria, de modo que esta invaluable diversidad no se pierda permanentemente debido al crecimiento poblacional y el desarrollo, el cambio climático o las necesidades cambiantes de los cultivadores y/o del mercado. Existen numerosos bancos de genes en todo el mundo que sirven para preservar el valioso germoplasma vegetal para el futuro de la humanidad y para servir como recurso para la investigación, la mejora y la capacitación. El Sistema Nacional de Germoplasma Vegetal (NPGS) del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos (USDA) y el Grupo Consultivo para la Investigación Agrícola Internacional (CGIAR) cuentan con una red de colecciones de germoplasma vegetal dispersas en diversas ubicaciones geográficas que preservan recursos genéticos para el futuro. Además del USDA y el CGIAR, hay colecciones de germoplasma establecidas en muchos países del mundo que también tienen como objetivo preservar colecciones de cultivos y plantas. Debido al avance de la tecnología, la genotipificación y la secuenciación de genomas completos de colecciones de germoplasma vegetal ahora son factibles. Los datos de genotipificación pueden ayudar a definir la diversidad genética dentro de una colección, identificar brechas genéticas, revelar redundancias genéticas y verificar la singularidad, permitir la comparación de colecciones del mismo cultivo entre bancos de genes (racionalización) y determinar errores o confusiones en la identidad genética que pueden haber ocurrido en una colección de germoplasma. Los proyectos a gran escala, como la genotipificación de colecciones de germoplasma, requieren planificación estratégica y el desarrollo de mejores prácticas. Este artículo detalla estrategias y mejores prácticas a considerar al genotipificar colecciones completas, consideraciones para la verificación de identidad del germoplasma y la determinación de réplicas genéticas, sistemas de gestión de calidad (QMS)/control de calidad (QC) en genotipificación y algunos casos de uso.