La soja, una fuente primaria de proteína vegetal, cuenta con perfiles de aminoácidos favorables; sin embargo, su composición aún no satisface las demandas nutricionales humanas. El contenido de aminoácidos de la soja es un rasgo cuantitativo controlado por múltiples genes. En este estudio, una población F de 186 plantas individuales derivadas del cruce entre ChangJiangChun2 y JiYu166 sirvió como población de mapeo. Basándonos en el mapa genético previamente publicado de nuestro laboratorio, aumentamos la densidad del mapa genético y construimos un nuevo mapa genético que contiene 518 marcadores SSR (repeticiones de secuencia simple) y 64 marcadores InDel (inserción-deleción), con una distancia promedio de 5.27 cm y una longitud total de 2881.2 cm. Se evaluó el contenido de ocho aminoácidos esenciales en el F, F y BLUP (predicción lineal mejor no sesgada). Se identificaron un total de 52 QTLs (loci de rasgos cuantitativos), y se identificaron 13 grupos de QTL, entre los cuales loci02.1 y loci11.1 emergieron como grupos de QTL estables, explorando genes candidatos dentro de estas regiones. A través de la enriquecimiento GO y la anotación de genes, se predijeron 16 genes candidatos asociados con el contenido de aminoácidos esenciales de la soja. Este estudio sentará las bases para elucidar los mecanismos regulatorios del contenido de aminoácidos esenciales y contribuirá a la innovación del germoplasma en sojas.