El objetivo de este trabajo fue optimizar el proceso de extracción asistida por ultrasonido de compuestos bioactivos a partir de subproductos y utilizando la metodología de Taguchi. Además, se determinó el contenido de flavonoides y la posterior evaluación del potencial antioxidante a través de tres ensayos diferentes (inhibición del radical ABTS, poder reductor férrico (FRAP) e inhibición del radical OH). Asimismo, se evaluó el potencial de estos metabolitos para inhibir la enzima alfa-amilasa y su efecto protector para inhibir la hemólisis debido a procesos oxidativos. Además, se realizó un análisis de grupos funcionales utilizando espectroscopia infrarroja por transformada de Fourier. El modelo estadístico L9 de Taguchi permitió aumentar los rendimientos de compuestos bioactivos al evaluar factores como el tamaño de partícula, la temperatura, el tiempo y la concentración del disolvente. Se encontró que las muestras contenían compuestos de tipo flavonoide, lo que se tradujo en su capacidad para inhibir radicales libres (ABTS y OH) y actuar como agentes reductores (FRAP). Exhibieron efectos inhibitorios sobre la enzima alfa-amilasa involucrada en la asimilación del almidón y sus derivados, además de proporcionar más del 50% de protección a los eritrocitos en presencia de radicales libres generados por AAPH. Además, el análisis FTIR facilitó la identificación de grupos funcionales característicos de compuestos fenólicos (O-H, C-H, C=C, C-C, C=O). Estos hallazgos sugieren que los subproductos analizados pueden servir eficazmente como fuentes de compuestos bioactivos con aplicaciones potenciales en la formulación de alimentos funcionales y medicamentos. Sin embargo, es necesario realizar un análisis de identificación de compuestos y toxicidad para garantizar la seguridad de estos compuestos bioactivos.