Este documento aborda el problema de optimización en tiempo real para encontrar la estructura de cadena de mensajes más eficiente y confiable en comunicaciones de datos basadas en protocolos de comando-respuesta de media duplex como los sistemas de comunicación MIL-STD-1553B. Este documento propone un método de optimización de Monte Carlo en tiempo real implementado en matrices de compuertas programables en campo (FPGA) que no solo puede llevarse a cabo muy rápidamente, sino que también evita conflictos con otras tareas en una unidad de procesamiento central (CPU). Los resultados de la evaluación mostraron que el método propuesto puede encontrar de manera consistente la estructura óptima de cadena de mensajes dentro de un tiempo bastante pequeño y determinista, que fue mucho más rápido que el método de optimización convencional de Monte Carlo en una CPU.