Varios fluorocromos se utilizan ampliamente para investigar diferentes aspectos microalgales, como la viabilidad y fisiología. Algunos de ellos se pueden utilizar para teñir ácidos nucleicos (ADN). Ejemplos conocidos son SYBR Green I y SYTO 9, este último ofrece varias ventajas, especialmente cuando se combina con citometría de flujo (FCM), un método poderoso para estudiar la heterogeneidad de la población microalgal y analizar sus ciclos celulares. Sin embargo, los efectos de estos colorantes en la fisiología celular de las microalgas aún no se han elucidado completamente. Un diseño experimental estadístico, utilizando metodología de superficie de respuesta (RSM) con FCM, se aplicó en este estudio para optimizar el teñido de ADN de una microalga no convencional, con SYBR Green I y SYTO 9, y para optimizar las variables que afectan la eficiencia de teñido, es decir, la concentración del colorante, el tiempo de incubación y la temperatura de tinción. Encontramos que ninguno de estos factores afecta la eficiencia de tinción, que no fue inferior al 99,65%. Sin embargo, para ambos colorantes, la concentración del colorante mostró ser el factor más significativo que causa daño celular (-valores: 0,0003;