Con la creciente población mundial, la demanda de alimentos también ha aumentado, lo que ha resultado en un mayor desperdicio agrícola y producción de estiércol de ganado. La paja de trigo y el estiércol de vaca son fuentes ricas en nutrientes y, si no se utilizan adecuadamente, pueden provocar contaminación ambiental. Teniendo en cuenta el cultivo en sustrato a base de paja/estiércol, el objetivo del estudio actual fue optimizar la técnica convencional de preparación de estiércol para reducir las pérdidas de nutrientes y mantener la calidad del estiércol en su mejor estado. Los tratamientos considerados fueron esquemas tradicionales y optimizados para la preparación de sustrato de hongos. Los resultados obtenidos aquí indicaron que las pérdidas de nutrientes fueron bajas en el esquema óptimo. Para el carbono (C), la pérdida fue del 43.55% en la etapa del sustrato en el esquema tradicional y se redujo al 37.75% en el esquema óptimo. En el caso del nitrógeno (N), la pérdida fue del 22.01% en el esquema tradicional y fue menor (18.49%) en el esquema óptimo. La concentración de nutrientes fue mayor con el esquema óptimo en comparación con el esquema tradicional. Fue del 1.74% para C, 7.17% para N, 3.58% para fósforo (P) y 4.92% para potasio (K). El esquema óptimo también mejoró el rendimiento por unidad de área (84.55%) y el rendimiento total (28.92%). El ingreso neto del esquema óptimo fue un 102.95% más alto en comparación con el esquema tradicional. El análisis económico también reveló que la relación beneficio-costo del esquema óptimo fue alta (48.86%) en comparación con el esquema tradicional. Este estudio concluye que el uso del esquema óptimo puede aprovechar mejor el desperdicio de paja de trigo y estiércol de vaca para la preparación del sustrato y reducir las pérdidas de nutrientes. Además, el residuo final de hongos también se puede utilizar como sustrato sobrante para un uso posterior.