Este documento tiene como objetivo encontrar políticas óptimas de retroalimentación para el control de seguimiento de redes de control booleanas de salto markovianas (MJBCNs) en un horizonte finito. El objetivo de seguimiento es una trayectoria predeterminada variable en el tiempo con una longitud finita. Para minimizar el error total esperado de seguimiento entre la trayectoria de salida de MJBCN y la trayectoria de referencia, se propone un algoritmo para determinar la política óptima para el sistema. Además, considerando la penalización por cambios en la entrada de control, se obtiene una nueva función objetivo mediante la suma ponderada del error total de seguimiento con la variación total de la entrada de control. Se diseñan ciertas políticas óptimas utilizando un algoritmo para minimizar la expectativa de la nueva función objetivo. Finalmente, la metodología se aplica a dos modelos biológicos simplificados para demostrar su efectividad.