La epidemiología basada en aguas residuales (WBE) tiene un gran potencial para monitorear la salud pública de la comunidad, especialmente durante pandemias. Sin embargo, enfrenta obstáculos sustanciales en la vigilancia de patógenos a través de WBE, que abarcan la representatividad de los datos, la variabilidad espacio-temporal, las estimaciones de población, la degradación de patógenos y factores ambientales. Este artículo tiene como objetivo mejorar la fiabilidad de los datos de WBE, especialmente para la detección temprana de brotes y estrategias de muestreo mejoradas dentro de las redes de alcantarillado.