El mejoramiento empírico del algodón se basó en el concepto de seleccionar la progenie única y de mayor rendimiento de las poblaciones segregantes para desarrollar un cultivar. Ayudó en la liberación de variedades de alto rendimiento con calidad de fibra superior a través del mejoramiento convencional. Aunque la producción de algodón se ha incrementado enormemente en las últimas décadas, también se ha observado una enorme fluctuación de incertidumbres en el rendimiento durante los últimos años. Por lo tanto, el desarrollo de ideotipos de algodón resistentes al clima a través de la introducción de alelos silvestres y el uso de marcadores genéticos contemporáneos se ha vuelto inevitable. Las tecnologías emergentes de ingeniería genómica, como el sistema CRISPR/Cas9, también pueden ser potencialmente explotadas para editar los genes relacionados con la susceptibilidad a enfermedades y los reguladores negativos de genes relacionados con el rendimiento en el algodón. En la presente revisión nos centramos en los logros y futuros avances del mejoramiento de plantas y la biotecnología para renovar los programas de mejoramiento del algodón.