Este documento propone una formulación integral de Programación Lineal Entera Mixta (MILP) para la programación simultánea de máquinas y Vehículos Guiados Automáticamente (AGVs) dentro de un Sistema de Manufactura Flexible (FMS) particionado. El objetivo principal es optimizar numéricamente la programación simultánea de máquinas y AGVs, considerando diversos diseños de taller y restricciones operativas. Se analizan tres diseños de taller diferentes, con un número variable de máquinas en las áreas de taller particionadas A y B, para evaluar el rendimiento y la efectividad del modelo propuesto. El modelo se prueba en múltiples escenarios que combinan diferentes diseños con un número variable de piezas de trabajo, seguido de una extensión para considerar condiciones iniciales dinámicas en un marco MILP más generalizado. Los resultados demuestran que la formulación MILP propuesta genera soluciones óptimas globalmente de manera eficiente y supera consistentemente a un algoritmo codicioso mejorado por heurísticas inspiradas en A*. Aunque es computacionalmente intensivo para escenarios grandes, los resultados óptimos del MILP sirven como un punto de referencia exacto para evaluar métodos heurísticos más rápidos. Además, el estudio proporciona una visión práctica sobre la integración de AGVs en sistemas de manufactura modernos, allanando el camino para una planificación de producción más flexible y eficiente. Se espera que los hallazgos de esta investigación contribuyan al desarrollo de estrategias avanzadas de programación en sistemas de manufactura automatizados.