Las grúas de muelle (QCs) juegan un papel vital en los terminales de contenedores automatizados (ACTs), y cuando una QC falla, afecta seriamente la eficiencia operativa de los barcos que están siendo cargados y descargados por la QC. En este estudio, investigamos un problema de programación integrada de grúas de muelle (QCs), grúas de patio (YCs) y vehículos guiados automatizados (AGVs) bajo fallos de QC, que tiene como objetivo minimizar el tiempo de carga y descarga al determinar el rango de QCs operativos adyacentes a las QCs defectuosas y reubicar las tareas de manejo de contenedores no finalizadas de las QCs. Se formula un modelo de programación entera mixta para despachar QCs, YCs y AGVs en ACTs. Para resolver el modelo, se propone un algoritmo adaptativo de dos etapas NSGA-II. Los experimentos numéricos muestran que el algoritmo propuesto puede reducir significativamente el impacto de las QCs defectuosas en la productividad mientras mantiene su eficiencia de carga y descarga sincrónica. El análisis de sensibilidad de la escala del barco, la ubicación y el número de QCs defectuosas indica que el número de QCs defectuosas tiene una mayor influencia en la eficiencia de carga y descarga que sus ubicaciones, y el impacto de las QCs defectuosas en la eficiencia de los barcos de pequeña escala es mayor que el de los barcos de gran escala.