La dinámica de colonización bacteriana de las plantas puede diferir entre cepas bacterianas filogenéticamente similares y en el contexto de comunidades bacterianas complejas. Los métodos cuantitativos que pueden resolver bacterias estrechamente relacionadas dentro de comunidades complejas pueden llevar a una mejor comprensión de las interacciones planta-microbio. Sin embargo, los métodos actuales a menudo carecen de la especificidad para diferenciar cepas bacterianas filogenéticamente similares. En este estudio, describimos estrategias moleculares para estudiar las bacterias asociadas a la lenteja de agua. Primero optimizamos sistemáticamente un protocolo de batido con perlas para coaislar ácidos nucleicos simultáneamente de la lenteja de agua y las bacterias. Luego desarrollamos un ensayo de huellas dactilares genérico para detectar bacterias presentes en muestras de lenteja de agua. Para detectar asociaciones específicas entre la lenteja de agua y las bacterias, desarrollamos un pipeline computacional basado en genómica para generar cebadores específicos de cepas bacterianas. Estos cebadores específicos de cepas diferenciaron cepas bacterianas del mismo género y permitieron la detección de asociaciones específicas entre la lenteja de agua y las bacterias presentes en un contexto comunitario. Además, utilizamos estos cebadores específicos de cepas para cuantificar la colonización bacteriana de la lenteja de agua normalizando a un gen de referencia de planta y revelamos diferencias en los niveles de colonización entre cepas del mismo género. Por último, la microscopía confocal de la lenteja de agua inoculada apoyó aún más nuestros resultados de PCR y mostró la colonización bacteriana de la interfaz raíz-fronda de la lenteja de agua y el interior de la raíz. Los métodos moleculares introducidos en este trabajo deberían permitir el seguimiento y la cuantificación de asociaciones específicas planta-microbio dentro de comunidades microbianas de plantas.