Las tarjetas aceleradoras de hardware modernas crean una plataforma accesible para que los desarrolladores reduzcan los tiempos de ejecución de algoritmos computacionalmente costosos. Los sistemas más utilizados, sin embargo, tienen espacios de memoria dedicados, lo que hace que el procesador tenga que transferir datos al espacio de memoria de la tarjeta aceleradora antes de que se pueda ejecutar la computación. Actualmente, el aumento de rendimiento al usar una tarjeta aceleradora para algoritmos intensivos en datos está limitado por el movimiento de datos. Con este fin, este trabajo tiene como objetivo reducir el efecto del movimiento de datos y mejorar el rendimiento general mediante el almacenamiento en caché sistemático de datos en la tarjeta aceleradora. Diseñamos una caché dividida controlada por software donde los datos se almacenan en la aceleradora y evaluamos su eficacia utilizando una aplicación de Bioinformática intensiva en datos que infiere la historia evolutiva de un conjunto de organismos mediante la construcción de árboles filogenéticos. Nuestros resultados revelaron que el almacenamiento en caché de datos controlado por software en una tarjeta aceleradora FPGA de grado de centro de datos redujo la sobrecarga del movimiento de datos en un 90%. Esto resultó en una reducción del tiempo total de ejecución entre un 32% y un 40% para toda la aplicación cuando se construyeron árboles filogenéticos de varios tamaños.