El documento presenta una opinión científica orientada a identificar necesidades metodológicas y científicas para fortalecer la evaluación de alergenicidad y seguridad de proteínas en alimentos regulados, particularmente en el contexto de nuevos alimentos, organismos modificados genéticamente y proteínas emergentes. El análisis examina los marcos actuales de evaluación de riesgos, destacando limitaciones en la predicción de potencial alergénico mediante herramientas in silico, ensayos in vitro y modelos experimentales disponibles. La evaluación se basa en una revisión de evidencia científica, análisis de guías regulatorias vigentes y consulta a expertos, con el fin de proponer mejoras en criterios de comparabilidad, caracterización molecular, estabilidad digestiva, exposición dietaria y validación de métodos alternativos. Se discuten vacíos en la estandarización de protocolos y en la integración de enfoques basados en peso de la evidencia. El documento concluye que es necesario desarrollar modelos predictivos más robustos, bases de datos actualizadas y metodologías validadas que permitan una evaluación más precisa del riesgo alergénico, contribuyendo a la armonización regulatoria y a la seguridad en la introducción de nuevas fuentes proteicas en el mercado alimentario.