En este artículo se introduce la noción de operadores de Reynolds generalizados en álgebras de Lie-Yamaguti, y se establece la cohomología de un operador de Reynolds generalizado. Se estudian las deformaciones formales de un operador de Reynolds generalizado utilizando el primer grupo de cohomología. Luego, mostramos que un operador de Nijenhuis en un álgebra de Lie-Yamaguti da lugar a una representación del álgebra de Lie-Yamaguti deformada y a un 2-cociclo. En consecuencia, el mapa identidad será un operador de Reynolds generalizado en el álgebra de Lie-Yamaguti deformada. También introducimos la noción de un operador de Reynolds en un álgebra de Lie-Yamaguti, que puede servir como un caso especial de operadores de Reynolds generalizados en álgebras de Lie-Yamaguti.