Los sistemas de aeronaves pilotadas de forma remota (RPAS), o drones, han tenido una rápida adopción para aplicaciones científicas y están demostrando ser particularmente valiosos para la recolección de datos en el mundo natural. El potencial de colisiones con aves presenta un verdadero peligro en estos entornos. Si bien el bienestar animal es una consideración primaria al planificar y ejecutar operaciones de RPAS, la operación segura y el regreso de los RPAS son clave para misiones de vuelo exitosas. Aquí, preguntamos si los RPAS pueden implementarse de manera rutinaria y segura para cumplir con los requisitos de recolección de datos en espacios aéreos con altas densidades de aves voladoras. Volamos RPAS de cuadricóptero sobre colonias de aves marinas en entornos de islas tropicales. Un observador dedicado, adyacente al piloto, registró todas las interacciones entre las aves marinas voladoras y la unidad de RPAS mientras se llevaban a cabo encuestas aéreas de población. Se registraron más de 600 interacciones para nueve especies de aves marinas. Realizamos más de 100 vuelos que totalizaron 2104 minutos en un espacio aéreo ocupado rutinariamente por densas agregaciones de aves marinas sin una sola colisión. Demostramos una alta capacidad para llevar a cabo operaciones de RPAS seguras y exitosas en espacios aéreos que contienen altas densidades de aves marinas voladoras. Si bien las colisiones con aves siguen siendo posibles, tales resultados son claramente raros y deben contextualizarse con las perturbaciones rutinarias de las encuestas terrestres para cumplir con los mismos objetivos. Los RPAS ofrecen de manera rutinaria el método menos invasivo para recolectar datos ecológicos en comparación con los métodos de campo tradicionales y pueden llevarse a cabo con un riesgo relativamente bajo para la finalización exitosa de la operación.