DExplore: Una herramienta en línea para detectar genes diferencialmente expresados a partir de experimentos de microarreglos de mRNA
Autores: Katsiki, Anna D.; Karatzas, Pantelis E.; De Lastic, Hector-Xavier; Georgakilas, Alexandros G.; Tsitsilonis, Ourania; Vorgias, Constantinos E.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
DExplore: Una herramienta en línea para detectar genes diferencialmente expresados a partir de experimentos de microarreglos de mRNA
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Experimentos de microarreglos
Análisis de expresión génica
Genes diferencialmente expresados
Análisis de datos
Análisis de enriquecimiento funcional
Gráficos de visualización
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 16
Citaciones: Sin citaciones
Los experimentos de microarreglos, un pilar en el análisis de expresión génica durante casi dos décadas, presentan desafíos debido a su complejidad. Para abordar esto, presentamos DExplore, una aplicación web fácil de usar que permite a los investigadores detectar genes expresados diferencialmente utilizando datos del GEO de NCBI. Desarrollado con R, Shiny y Bioconductor, DExplore integra WebGestalt para el análisis de enriquecimiento funcional. También proporciona gráficos de visualización para una mejor interpretación de los resultados. Con una imagen de Docker para la ejecución local, DExplore acomoda datos no publicados. Para ilustrar su utilidad, mostramos dos estudios de caso sobre células cancerosas tratadas con fármacos quimioterapéuticos. DExplore simplifica el análisis de datos de microarreglos, empoderando a los biólogos moleculares para que se concentren en genes de importancia biológica.
Descripción
Los experimentos de microarreglos, un pilar en el análisis de expresión génica durante casi dos décadas, presentan desafíos debido a su complejidad. Para abordar esto, presentamos DExplore, una aplicación web fácil de usar que permite a los investigadores detectar genes expresados diferencialmente utilizando datos del GEO de NCBI. Desarrollado con R, Shiny y Bioconductor, DExplore integra WebGestalt para el análisis de enriquecimiento funcional. También proporciona gráficos de visualización para una mejor interpretación de los resultados. Con una imagen de Docker para la ejecución local, DExplore acomoda datos no publicados. Para ilustrar su utilidad, mostramos dos estudios de caso sobre células cancerosas tratadas con fármacos quimioterapéuticos. DExplore simplifica el análisis de datos de microarreglos, empoderando a los biólogos moleculares para que se concentren en genes de importancia biológica.