En el contexto de la pérdida global de biodiversidad, el monitoreo de poblaciones de vida silvestre es un gran desafío. Algunas técnicas innovadoras, como el uso de drones, también llamados vehículos/sistemas aéreos no tripulados (UAV/UAS), ofrecen oportunidades prometedoras. El potencial del censo de vida silvestre basado en UAS utilizando imágenes de alta resolución está bien establecido para mamíferos terrestres o aves que pueden ser vistas en las imágenes. Sin embargo, la capacidad de los UAS para detectar especies no conspicuas, como pequeñas aves debajo del dosel forestal, sigue siendo una cuestión abierta. Este problema se puede resolver con bioacústica para especies acústicamente activas como murciélagos y aves. En este contexto, los UAS representan una solución interesante que podría implementarse a mayor escala, con menor riesgo para el operador y en lugares de difícil acceso, como los doseles forestales o topografías complejas, en comparación con los protocolos tradicionales (grabadoras de ubicación fija colocadas o manejadas por operadores humanos). En este contexto, este estudio propone un marco metodológico para evaluar el potencial de los UAS en encuestas bioacústicas para aves y murciélagos, utilizando grabadoras audibles y de ultrasonido de bajo costo montadas en un UAS cuadcóptero de bajo costo (DJI Phantom 3 Pro). El flujo de trabajo metodológico propuesto puede replicarse de manera sencilla en otros contextos para probar el impacto de otras plataformas de grabación bioacústica de UAS en relación con las especies objetivo y el diseño específico del UAS. Este protocolo permite evaluar la sensibilidad de los enfoques de UAS a través de la estimación del radio de detección efectivo para las diferentes especies investigadas a varias alturas de vuelo. Los resultados de este estudio sugieren un fuerte potencial para el monitoreo bioacústico de aves, pero son más contrastados para las grabaciones de murciélagos, principalmente debido al ruido del cuadcóptero (es decir, el ruido del controlador de velocidad electrónico (ESC)) pero también, de cierta manera, al diseño experimental (uso de un altavoz direccional con intensidad de llamada limitada). Los desarrollos técnicos, como el uso de un cabrestante para extender de manera segura la distancia entre el UAS y la grabadora durante las grabaciones de sonido del UAS o el desarrollo de una plataforma innovadora, como un UAS híbrido de avión-dirigible, deberían hacer posible resolver estos problemas.