Los biopilas gestionados adecuadamente pueden ser utilizados para la degradación de residuos de mataderos y la inactivación de patógenos bacterianos, que de otro modo representan un gran riesgo para la salud en el medio ambiente. Se utilizaron biopilas para eliminar residuos de mataderos y determinar la ocurrencia y los patrones de persistencia de indicadores de bacterias patógenas. Las bacterias indicadoras incluían la familia Enterobacteriaceae, coliformes totales, resistentes al ácido nalidíxico, y . Las biopilas de residuos de mataderos permanecieron estáticas durante 164 días en 2006 y 141 días en 2007. En las muestras de efluente de biopilas, se observaron poblaciones de bacterias indicadoras que disminuían exponencialmente. La presencia de bacterias indicadoras en muestras de biopilas y suelo sugirió su retención y persistencia en, pero no migración desde, los medios. Aunque la familia Enterobacteriaceae, coliformes totales, y compartieron correlaciones de comportamiento, exhibieron destinos diferentes en todos los medios en comparación con , que se observó que persistía y volvía a crecer. El comportamiento de los resistentes al ácido nalidíxico inoculados sugirió que la inactivación era el proceso principal en las biopilas. Sin embargo, las biopilas constituían fuentes continuas de las bacterias indicadoras debido a su persistencia en ubicaciones aisladas y protegidas, y cambios en las especies dominantes. Si bien el biopilado de residuos de mataderos fue efectivo para inactivar más del 99% (reducciones logarítmicas) de las bacterias indicadoras, se deberían emplear métodos terciarios y fases de biopilado para asegurar la inactivación de bacterias patógenas en biopilas de desechos animales. El destino de los indicadores bacterianos en este sistema exhibió tendencias aún no observadas para las actividades de biopilado de desechos animales, lo que genera numerosas preguntas para futuras investigaciones.