El bioma del Pantanal se caracteriza por inundaciones estacionales que determinan procesos ecosistémicos específicos, con la presencia de plantas y animales adaptados a la reducción y expansión anual de hábitats debido al régimen hidrológico estacional. La abundancia de biodiversidad varía durante las estaciones seca y húmeda. La biodiversidad del Pantanal es un componente fundamental de los servicios ecosistémicos para la sociedad humana, incluyendo el ciclo de nutrientes, la producción pesquera, el ecoturismo, el almacenamiento de carbono y el control de inundaciones, entre otros, que son relevantes para las consecuencias ambientales regionales y globales. El bioma se ha visto afectado por la conversión de vegetación natural en campos agrícolas y pastos para la ganadería, con la alteración y pérdida de hábitats naturales y biodiversidad. Los principales impactos negativos se producen en las tierras altas, con la drástica deforestación de la vegetación de sabana, donde nacen los principales ríos que alimentan el Pantanal. Este artículo analiza las necesidades y prioridades futuras de la investigación ecológica para comprender mejor el sistema natural del bioma y lograr su conservación y uso sostenible.