Entender la regulación de la esterilidad autotetraploide es esencial para aprovechar las fuertes ventajas en capacidad de amortiguación genómica, biodiversidad y heterosis del arroz autotetraploide. Los miARN desempeñan roles cruciales en la regulación de la fertilidad, sin embargo, la información sobre sus roles reproductivos y genes objetivo en el arroz tetraploide sigue siendo limitada. Aquí, utilizamos tres líneas tetraploides, H1 (fértil), HF (fértil) y LF (estéril), para investigar características citológicas e identificar factores asociados con la esterilidad autotetraploide. LF mostró meiosis anormal, resultando en baja fertilidad y viabilidad del polen, lo que finalmente llevó a una escasa fertilización y una baja producción de semillas en comparación con H1 y HF. El RNA-seq reveló 30 pares de candidatos a genes objetivo de miARN relacionados con la esterilidad del polen autotetraploide. Estos pares mostraron patrones de expresión opuestos, con expresión diferencial entre las líneas fértiles (H1 y HF) y la línea estéril (LF). La qRT-PCR confirmó que , , y se expresaron altamente en los estambres de H1 y HF, pero no en LF, mientras que se obtuvieron resultados opuestos en sus objetivos (, , y ). Los análisis de haplotipos y patrones de expresión revelaron que se expresó específicamente en líneas con el mismo haplotipo de (el precursor de ) que LF. Además, el ensayo Dual-GFP verificó que inhibió la señal de fluorescencia de ARPS-GFP. La sobreexpresión de disminuyó significativamente la tasa de producción de semillas (59.10%) y la fertilidad del polen (50.44%) del arroz neo-tetraploide, sugiriendo que desempeña roles importantes en la esterilidad del polen autotetraploide. Este estudio proporciona información sobre la característica citológica y los perfiles de expresión de miARN de líneas tetraploides con diferente fertilidad, arrojando luz sobre el papel de los miARN en el arroz poliploide.