La nutrición en la vida temprana es un factor crítico que influye en el rendimiento y la calidad posteriores, incluyendo el desarrollo esquelético, en el bacalao atlántico cultivado. Este estudio investigó los efectos de un nuevo protocolo de alimentación inicial que utiliza nauplios de percebes y huevos de plancton, así como dos microdiets experimentales sobre la supervivencia larval, el crecimiento, las anomalías esqueléticas y la ontogenia de los órganos. Las larvas de bacalao atlántico se criaron utilizando tres protocolos de alimentación (COM, D1 y D2): COM utilizó rotíferos enriquecidos y una microdieta comercial, mientras que los protocolos D1 y D2 incorporaron huevos de mejillón azul (Cryo-u) y nauplios de percebes (Cryo-S, Cryo-L), seguidos de microdiets inertes que diferían en su fuente de fosfolípidos (D1 más rica en PL vegetales; D2 más rica en PL marinos). Las larvas se muestrearon hasta 66 días post eclosión (dph) para análisis morfométricos, de anomalías esqueléticas e histológicos. La supervivencia promedió el 21.3% y no se vio afectada por las dietas. El grupo de control tuvo una longitud estándar y un peso seco ligeramente mayores a los 66 dph en comparación con los grupos experimentales. Sin embargo, las larvas alimentadas con el protocolo D1 mostraron una prevalencia general de anomalías esqueléticas significativamente menor (52%) en comparación con el grupo de control (91%). Además, D1 mostró una menor ocurrencia de anomalías severas y una prevalencia significativamente reducida de escoliosis en comparación con los grupos D2 y COM. La histología mostró que el grupo D1 logró una ontogenia de órganos acelerada en general, con mayor longitud de vellosidades y abundancia de células caliciformes en el intestino anterior a los 66 dph. En conclusión, el nuevo protocolo de alimentación D1, que incorpora nauplios de percebes y una microdieta más rica en fosfolípidos vegetales, mejoró la calidad larval al reducir efectivamente las anomalías esqueléticas y acelerar el desarrollo de los órganos internos.