La mancha bacteriana en la lechuga es una enfermedad esporádica pero devastadora que amenaza la producción de lechuga en todo el mundo. Brotes severos han resultado en pérdidas de hasta el 100% de la cosecha, y incluso brotes más pequeños pueden causar una pérdida significativa de rendimiento, ya que el tejido afectado debe ser removido de las cabezas de lechuga antes de su venta. El patógeno tiene al menos tres razas, cada una definida por el fenotipo de enfermedad o resistencia que provoca en los cultivares y accesiones de lechuga. La detección molecular específica facilitaría el trabajo de clínicos, cultivadores, empresas de semillas e investigadores en la industria de la lechuga. Presentamos un método de PCR touchdown específico y avances hacia métodos específicos de raza. Utilizamos una alineación de 18 cepas y 9 cepas no objetivo estrechamente relacionadas para identificar clústeres de genes específicos de patovar y raza como objetivos para los primers de PCR. Evaluamos la especificidad primero utilizando métodos in silico y luego empíricamente utilizando una colección de cepas. Nuestro protocolo demostró detección específica de raza a partir de dos tipos de muestras, incluyendo extractos de ADN genómico y suspensiones bacterianas. Se requiere investigación adicional para refinar los protocolos específicos de raza.