El rotavirus es un agente causante importante de diarrea en niños, bebés y animales jóvenes en todo el mundo. El riesgo zoonótico asociado requiere una consideración seria de la información genética completa del rotavirus. Un genoma segmentado hace que el rotavirus sea propenso a la reorganización y a la formación de una nueva cepa viral. Monitorear la epidemiología molecular del rotavirus es esencial para su prevención y control. Se utilizó la RT-PCR cuantitativa dirigida al gen NSP5 para detectar el grupo A de rotavirus (RVA) en muestras fecales de cerdos, y se utilizaron dos pares de cebadores universales y protocolos para amplificar el genotipo G y P. La genotipificación y el análisis filogenético de 11 genes se realizaron mediante RT-PCR y un método básico de bioinformática. Se identificó una cepa única de rotavirus G4P[6], designada S2CF (RVA/Pig-tc/CHN/S2CF/2023/G4P[6]), en una muestra fecal de un lechón con diarrea severa en Guangdong, China. La secuenciación y análisis del genoma completo sugirieron que los 11 segmentos de la cepa S2CF mostraron una constelación de genotipo única similar a Wa y una configuración genética típica de RVA porcino de G4-P[6]-I1-R1-C1-M1-A8-N1-T1-E1-H1. Notablemente, 4 de los 11 segmentos de genes (VP4, VP6, VP2 y NSP5) se agruparon consistentemente con RVAs similares a humanos, lo que sugiere una transmisión inter-especies independiente de humano a porcino. Además, se identificó por primera vez una secuencia duplicada única de 344 nt en la región no traducida de NSP5. Este estudio revela además la diversidad genética y el potencial de transmisión inter-especies del rotavirus porcino.