La irradiación con rayos gamma es uno de los mutágenos más utilizados en todo el mundo. Anteriormente, realizamos un mejoramiento por mutación utilizando irradiación gamma para desarrollar nuevas variedades. Entre estos mutantes, Gwonje-early tenía una forma ovalada, una protrusión en la parte superior del fruto y un tamaño de fruto grande en comparación con los frutos del tipo silvestre (WT). Investigamos las características morfológicas externas/internas y el contenido de azúcar/ácido de los frutos de Gwonje-early. Además, investigamos polimorfismos de nucleótido único (SNPs) y variantes de inserción/deleción (InDel) a nivel del genoma en Gwonje-early utilizando re-secuenciación del genoma completo. La anotación funcional mediante análisis de Gene Ontology confirmó que los InDels fueron más comúnmente anotados que los SNPs. Para identificar marcadores moleculares específicos para Gwonje-early, se realizó PCR específica de alelos utilizando SNPs homocigotos detectados a través de la re-secuenciación del genoma de Gwonje-early. Los conjuntos de cebadores GJ-SNP1 y GJ-SNP4 pudieron distinguir efectivamente Gwonje-early del WT y otras variedades comerciales de cítricos, demostrando su uso como marcadores moleculares específicos para Gwonje-early. Estos hallazgos también tienen importantes implicaciones en términos de derechos de propiedad intelectual y la protección de la variedad de Gwonje-early. Nuestros resultados pueden proporcionar información sobre la comprensión de los rasgos morfológicos y los mecanismos de mejoramiento molecular de las especies de cítricos.