Los pacientes con metaplasias epiteliales tienen un mayor riesgo de desarrollar malignidades. En el esófago de Barrett, el epitelio neo-columnar se desarrolla de forma proximal a la unión escamoso-columnar (SCJ) en el esófago como resultado de la exposición prolongada a la bilis y al reflujo ácido. Los pacientes requieren vigilancia periódica de por vida, debido a la falta de terapias de erradicación efectivas. La escasez de opciones de tratamiento innovadoras se debe principalmente a la falta de modelos in vivo adecuados de regeneración del epitelio neo-columnar. Este protocolo describe la generación de un modelo de criocauterización para estudiar la regeneración de neo-epitelios en la SCJ. La criocauterización de la mucosa columnar y escamosa en la SCJ se logró mediante la aplicación local de nitrógeno líquido en ratones de tipo salvaje y reporteros en combinación con la supresión ácida. La supresión ácida sola mostró la restauración de la SCJ con características histológicas normales tanto del epitelio neo-columnar como del neo-escamoso en un plazo de 14 días. Como prueba de principio, los ratones fueron tratados con mNoggin, un inhibidor de las proteínas morfogenéticas óseas (BMPs), que están involucradas en el desarrollo de epitelios columnares. La aplicación local de mNoggin en el área ablacionada en la SCJ redujo significativamente el desarrollo de la mucosa neo-columnar. Aunque este modelo no reproduce fielmente las características exactas del esófago de Barrett, es una herramienta adecuada para estudiar los mecanismos de inhibición terapéutica de la regeneración neo-columnar. Por lo tanto, representa una plataforma eficiente y sencilla para probar nuevas terapias farmacológicas para el tratamiento de lesiones neoepiteliales en la SCJ.