Varios estudios han demostrado que las irregularidades en los movimientos oculares representan un indicador importante para diagnosticar enfermedades que afectan el sistema nervioso central. De hecho, los movimientos oculares anormales horizontales y verticales desempeñan un papel importante en la medición del progreso de las enfermedades neurodegenerativas. La electrooculografía (EOG) es una técnica ampliamente utilizada que monitorea los movimientos oculares horizontales y verticales en respuesta a un patrón de estimulación visual. Estos estímulos visuales requieren sincronización estímulo-respuesta, baja latencia y una respuesta en tiempo real. En este trabajo, se diseña un sistema novedoso basado en un Arreglo de compuertas programable en campo (FPGA) para abordar cientos de LEDs para la generación de múltiples señales de estímulo visual y para la adquisición de EOG. Nuestra evaluación demuestra que el sistema propuesto mejora la precisión de las señales generadas, mostrando excelentes resultados en la sincronización estímulo-respuesta y calidad de la forma de onda de los estímulos.