J.F. Gmel. (Boraginaceae) es una hierba perenne polinizada por insectos de amplia distribución. En el centro de Chile (33 grados S), se encuentra desde el nivel del mar hasta 3600 m en los Andes, exhibiendo una amplia variación morfológica. En este estudio, desarrollamos y caracterizamos nuevos microsatélites polimórficos para esta especie, utilizando una plataforma de secuenciación Illumina MiSeq. Se obtuvieron diecinueve loci polimórficos, con un número de alelos que varía de 3 a 13 por locus (media = 5.84). Las heterocigosidades observadas () y esperadas () variaron de 0.050 a 0.900 y de 0.049 a 0.825, respectivamente. Estos marcadores se aplicaron para evaluar la diversidad genética y la estructura poblacional a lo largo de un gradiente altitudinal que va de 1600 a 3600 m. La población de mayor elevación mostró una diversidad genética dentro de la población significativamente menor en comparación con las poblaciones de menor elevación. Se observó una diferenciación poblacional significativa a lo largo del gradiente. Las estimaciones de flujo génico apoyan un modo de migración tipo "stepping-stone", con un mayor intercambio entre elevaciones adyacentes. Estos nuevos microsatélites proporcionan una herramienta valiosa para elucidar la influencia de la altitud en la diversidad y estructura genética, y para evaluar los roles de la adaptación local y la plasticidad fenotípica en la variación poblacional.