La pústula bacteriana (BP), causada por pv., es una enfermedad importante que, en condiciones favorables, puede afectar drásticamente la producción de soja. Realizamos un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS) con un panel que contenía cultivares brasileños y estadounidenses, que fueron evaluados cualitativa y cuantitativamente contra dos aislados brasileños (IBS 333 e IBS 327). El panel fue genotipado utilizando un enfoque de genotipado por secuenciación (GBS), y identificamos dos nuevas regiones principales en la soja asociadas con resistencia en los cromosomas 6 (IBS 333) y 18 (IBS 327), diferentes del gen tradicional ubicado en el cromosoma 17. La región en el cromosoma 6 también fue detectada mediante mapeo de QTL utilizando un cruce biparental entre Williams 82 (R) y PI 416937 (S), mostrando que Williams 82 tiene otro gen de resistencia recesivo además de, que también fue detectado en nueve ancestros resistentes a BP de los cultivares brasileños (incluyendo CNS, S-100), basado en el análisis de haplotipos. Además, identificamos SNPs adicionales en fuerte LD (0.8) con SNPs pico al explorar la variación disponible en datos de secuenciación de genoma completo (WGS) entre 31 accesiones de soja. En estas regiones en fuerte LD, se identificaron dos genes candidatos de resistencia (Glyma.06g311000 y Glyma.18g025100) para los cromosomas 6 y 18, respectivamente. Por lo tanto, nuestros resultados permitieron la identificación de nuevas regiones cromosómicas en la soja asociadas con la enfermedad BP, que podrían ser útiles para la selección asistida por marcadores y permitirán una reducción en el tiempo y costo para el desarrollo de cultivares resistentes.