Como una clase especial de germoplasma de arroz, las variedades de amplia compatibilidad (WCVs) garantizan la fertilidad de los híbridos cuando hay polinización cruzada entre dos subespecies. En este estudio, se identificó a Chenghui9348 como un nuevo miembro de la familia WCV que mejora la fertilidad del polen en un híbrido interespecífico. El análisis citológico mostró que la mitosis anormal de los microsporos resultó en la esterilidad del polen en la etapa temprana bicelular en el híbrido interespecífico. Además, se encontró que el nuevo locus, correspondiente a mejoras en la fertilidad del híbrido, se cosegregaba con el marcador RM1047 y estaba asociado con una región de aproximadamente 630 kb flanqueada por los marcadores D1101 y D1164 en el cromosoma 12. En esta región, se predijeron dos posibles genes como candidatos para los genes de amplia compatibilidad (WCGs). El análisis de secuencias reveló que, en comparación con los alelos, se produjo una deleción/inserción dentro de los exones de ambos genes posibles. En conjunto, el presente estudio identificó otro nuevo locus de WC y ofrece más oportunidades para la explotación adicional de híbridos interespecíficos en arroz.