La programación para el ahorro de energía ha sido señalada como un tema de investigación interesante en el campo de la manufactura, mediante la cual el consumo de energía puede reducirse efectivamente a través de la programación de la producción desde la perspectiva de la gestión operativa. En los últimos años, los problemas de programación para el ahorro de energía en talleres de trabajo flexibles (ESFJSPs) han atraído considerable atención por parte de académicos. Sin embargo, la mayoría de los trabajos existentes sobre ESFJSPs asumieron que el procesamiento de dos operaciones consecutivas en un trabajo no puede superponerse. Para estar más cerca de la producción real, en este documento se permite la superposición de procesamiento de operaciones consecutivas, mientras que también se incluyen tareas de transporte de trabajos entre diferentes máquinas. Para formular el problema, se establece un modelo matemático para minimizar el consumo total de energía. Debido a la naturaleza NP-duro, se propone elaboradamente un nuevo algoritmo de búsqueda interior (NISA) siguiendo la característica del problema. Se realizan una serie de experimentos para verificar la efectividad del algoritmo NISA. Los resultados experimentales demuestran que el NISA proporciona resultados prometedores para el problema considerado. Además, los resultados computacionales indican que el aumento del tiempo de transporte y el número de sublotes aumentarán el consumo de energía de transporte, lo que es en gran medida responsable del aumento en el consumo total de energía.