El problema de programación de trabajos en un taller flexible (FJSP) es una extensión del problema clásico de programación de trabajos en un taller y uno de los problemas NP-duros más conocidos. Para obtener mejores óptimos globales del FJSP, se propone un nuevo algoritmo híbrido de optimización de ballenas (HWOA) para resolver el FJSP, en el que minimizar el tiempo de finalización se considera como el objetivo. En primer lugar, se aumenta la uniformidad y la amplitud de la distribución de la población inicial con un buen conjunto de puntos (GPS). En segundo lugar, se propone un nuevo factor de convergencia no lineal (NCF) para coordinar el peso de la búsqueda global y local. Luego, se propone una nueva estructura de multi-vecindario (MNS), dentro de la cual se utilizan un total de tres nuevos vecindarios para buscar la solución óptima desde diferentes direcciones. Finalmente, se presenta un mecanismo de recepción de diversidad de población (DRM), que asegura en cierta medida que la diversidad de la población se preserve con la iteración. Se utilizan siete funciones de referencia internacionales para probar el rendimiento del HWOA, y los resultados muestran que el HWOA es más eficiente. Finalmente, el HWOA se aplica a 73 FJSP y cuatro instancias internacionales Ra de diferentes escalas y flexibilidad, y los resultados verifican aún más la efectividad y superioridad del HWOA.